Mysqld

Медленные запросы
Можно указать записывать в лог-файл запросы продолжительностью больше, например, 1 секунды.

Индексы
Специальные структуры данных, использующиеся при поиске. Например, в запросе пишешь WHERE x=1, то СУБД всю таблицу проходит, чтобы найти, где же x=1, а с индексом не нужно проходить всю таблицу.

Много индексов тоже плохо — они замедляют INSERT.